Stefan Kaegi inszeniert in verschiedensten Konstellationen dokumentarische Theaterstücke, Hörspiele und Stadtrauminszenierungen, die oft wirtschaftliche Verflechtungen auf eine menschliche Komponente herunterbrechen. So tourte Kaegi mit zwei bulgarischen Lastwagenfahrern und einem umgebauten LKW durch die Welt, inszenierte in Heuschrecken 10.000 Insekten und in Granma vier kubanische Enkelkinder der sogenannt revolutionären Generation. Am Théâtre Vidy in Lausanne inszenierte Kaegi Nachlass mit Menschen, die nicht mehr lange zu leben haben, in Uncanny Valley die lebensgrosse Kopie des Schriftstellers Thomas Melle als Humanoiden. Seine Audiotour Remote X wurde für Städte wie Los Angeles, Santiago de Chile oder Taipei immer wieder ortsspezifisch adaptiert. Zur Zeit ist im Hamburger Schauspielhaus seine Société Anonyme zu sehen. Gemeinsam mit Caroline Barneaud kuratiert er performative Land-Art zu Shared Landscapes in periurbanen Landschaften.

Gemeinsam mit Helgard Haug und Daniel Wetzel arbeitet Kaegi unter dem Label Rimini Protokoll, das 2011 mit dem silbernen Löwen für Theater an der Biennale in Venedig ausgezeichnet wurde. Im Hamburger Schauspielhaus war die Simulation einer Weltklimakonferenz oder die Dunkel-Inszenierung Société Anonyme zu sehen. In Zürich Weltzustand Davos. In Städten wie Montréal, São Paulo und Hong Kong inszenierte Rimini Protokoll 100% Stadt mit 100 nach statistischen Kriterien ausgewählten Vertretern ihrer Stadt. In Manchester und Lausanne komponierte Rimini Protokoll die Stadtbegehung Utopolis für 48 tragbare Lautsprecher. Unter dem Titel Staat 1-4 entwickelte das Regie-Label eine Tetralogie zu Phänomenen der Post-Demokratie. Fürs Museum entwickelten die drei immersive Kunstinstallationen wie win<>win mit lebenden Quallen oder die begehbare Filmarchitektur Urban Nature. Und für die Bühne die Versuchsanordnung Konferenz der Abwesenden.